El conflicto universitario surgió cuando afloraron viejas tensiones entre el gobierno federal y la Universidad sobre el lugar y carácter de la institución. Los universitarios exigían una institución desligada de los conflictos políticos, comprometida con el conocimiento y la cultura y no con los proyectos revolucionarios.
En 1929 se organizó un Comité General de Huelga que mandó una carta a Emilio Portes Gil en la que demandaba las renuncias del Secretario de Educación Pública (Ezequiel Padilla), la del Rector (Antonio Castro Leal), el Subsecretario de Educación y los Jefes de Policía. Con respecto a la organización interna de la Universidad se pedía que la elección del Rector la hiciera el Consejo universitario, formado por profesores y estudiantes, se propuso la formación de un consejo técnico en cada escuela y facultad y la reintegración de la educación secundaria.
El proyecto de Ley Orgánica que envió Portes Gil al Congreso señalaba los siguientes puntos:
– la dirección de la universidad pasa a manos de los universitarios, maestros, alumnos y egresados.
– dicta planes de estudio, métodos de enseñanza y evaluación que considere adecuados.
– El Rector y Directores de Escuelas y Facultades serían nombrados por el Consejo universitario.
– El Estado otorgaría anualmente un subsidio a la universidad.
El 10 de junio es promulgada la Ley Orgánica, que no otorgaba autonomía total, sino supeditada a la observancia del Ejecutivo. El 19 de agosto de 1933 se expidió una nueva Ley Orgánica presentada por Narciso Bassols, donde se otorga plena autonomía a la Universidad.
En diciembre de 1944 una nueva Ley Orgánica es promulgada después de un conflicto interno. Ésta es la que rige actualmente la Universidad.