Francisco Javier Alegre nace en Veracruz, Veracruz el 12 de 
noviembre de 1729. Connotado jesuita por la pluralidad de intereses teóricos y prácticos que tuvo a lo largo de su vida, desde el manejo de la aguja náutica hasta la elaboración de estudios o tratados sobre materias tan diversas como historia, gramática, matemáticas o, por supuesto, filosofía y teología. Fue destacado autodidacta en el manejo del francés, el inglés además de lenguas cultas como el griego antiguo, el hebreo y el latín.
Formado desde su infancia en el seminario de San Ignacio en Puebla, se dice que fue estudiante sobresaliente por lo que, después de realizar sus exámenes de forma sobresaliente tuvo pronto la oportunidad de ejercer como profesor de Filosofía, Teología y Gramática entre otras, en la capital de la provincia novohispana, en Veracruz, en la Habana y en Mérida principalmente.
Se le encargó la tarea de terminar una historia de su corriente religiosa, elaborando la Historia de la Compañía de Jesús en la Nueva España que tiempo antes había iniciado el padre Francisco de Florencia. Terminó el estudio poco antes de del destierro o expulsión de los jesuitas de la Nueva España, por lo que este texto, entre tantos otros que se perdieron, le fue confiscado y en México se publicó hasta mediados del siglo XIX. Durante el exilio en Italia elaboró un compendio de aquella historia, se dice que casi con la sola fuerza de la memoria, observándose así la capacidad del mexicano por la precisión de las fechas y demás datos.
Entre sus traducciones sobresalen, del francés la del Arte poética de Nicolás Boileau y del griego antiguo al latín, la Ilíada de Homero. Entre sus obras propias tiene tanto estudios como poesía, sobreviven, un estudio de geografía del territorio mexicano, una epopeya en latín llamada Alejandríada, el opúsculo Arte retórica. En su biografía entre los textos que se perdieron destacan Elementos de geometría, Secciones cónicas y un Tratado de Gnómica.
Su máxima obra, terminada semanas antes de morir, es la Institutionum Theologicarum, donde trata críticamente los temas sobre el ser humano que le merecieron la mayor y más profunda reflexión como la conveniencia de una guerra justa (recupera el debate Sepúlveda-Las Casas), la pertinencia de ciertas leyes y en qué casos (argumenta contra la esclavitud y reflexiona acerca de la igualdad natural de los hombres), el origen del poder político (no es divino, sino de la comunidad), o la religión.
La mayor parte de sus obras se publicaron póstumamente y otra parte se perdió, empero, lo que se conoce revela la lucidez y penetración de este pensador veracruzano. Fallece por causa de una en enfermedad, que al parecer no se atendió en forma, en Bolonia, Italia el 16 de agosto de 1788.
Círculo de Estudios de Filosofía Mexicana 